带着容易引起灾难的危险秘宝“魔剑目录”，居无定所的流浪剑士，殇不患。从祖国西幽离开辗转来到了东离之地后，好不容易获得了一时安宁的他，不料被仇敌“祸世螟蝗”得知这个消息，再次陷入危机之中。从遥远的西幽不断接揰而来的异能、异形的刺客们。就在殇不患面对这样的困境之中，身穿红莲之衣谜一般的吟游诗人就此现身。
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
在某个名为NP的城市，警察厅遭投诉最多的是战车队，尤其是其中一辆名为“布拿巴力”的特别战车。“布拿巴力”是为了适应城市作战的特殊需要而制造的坦克，体积超小(被人称为“豆坦克”，很像“合金弹头”里的那种卡通坦克)，甚至可以通过窄小的门驶入建筑物内，动作机动灵活，同时装备完备，配有能发射穿甲弹的主炮、速射机枪、烟雾弹、催泪弹、AA GUN以及一些不知名的东西，连钩状履带都是特制的（用来破坏路面吗？）。操作这辆坦克的是被称为警署的炸弹组合的本作主人公莉安娜和亚路，面对罪犯，他们总是能够机敏勇敢地将其捕获，不过总是会对环境造成巨大的破坏…
故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
故事发生于位于本州南部的一座孤岛之上，从前，这里是一片热闹的景象，直到有一天，一个大企业买下了岛上的大部分地皮，准备在这里建造工厂，很多居民因此而选择了搬家，渐渐的，小岛变得又冷青又荒芜。星野航（中村悠一 配音）是在岛上学习生活的高中二年级男生，某日，他所在的学校里转来了一位名叫泽城凛奈（河合春华 配音）的女生。对于这个人员不断流失的小岛来说，新鲜血液的加入是一件多么新奇的事情啊！泽城凛奈究竟为什么会从热闹的大城市转学来到这座萧条的学校里呢？没过多久，泽城就交到了羽山海己（石川乃奈 配音）、浅仓奈绪子（筱崎双叶 配音）、六条宫穂（草柳顺子 配音）等好友。
明日香（能登有沙 配音）是一个性格十分“天然”的特别女孩，她就读于初中三年级，无论是上学路上，还是在学校里，明日香经常会做出让人意想不到的天然萌举动、说出让人无法招架的话。加上长相甜美可爱，身材姣好，她所到之处都会卷起一股“明日香”之风，令周围的男性心花怒放。出场人物还有明日香的摄影师爸爸，以及同校的学妹等角色，明日香独特的个性也影响到身边人。 本动画改编自森泰士作漫画作品《天然萌少女明日香》。
妖精小姐迷上日本文化！？上班族北濑一广唯一的兴趣就是睡觉。他从小就在不可思议的梦中世界进行刺激的冒险。某次与在梦中结识的妖精一起冒险时，两人不幸被龙的吐息烧死。失败后，他一如往常于位在东京的房内醒来，却赫然发现妖精少女熟睡在身边
很久很久以前，户山香澄（寺川爱美 配音）曾经在仰望星空之时感受到了胸中喷涌而出的激烈情感，之后许久，香澄都试图重新找回这种悸动的感觉，可惜无果。某一体，在一家旧货商店里，香澄看到了一把吉他，那一瞬间，胸中鼓动起了熟悉的悸动，带着这把吉他，香澄决定走上音乐道路。 从小就以成为一名吉他手为目标的花园妙（大冢纱英 配音）、个性畏畏缩缩却因为演奏贝斯而逐渐找到了自信的牛込里美（西本梨美 配音）、细心体贴温柔稳重的鼓手山吹沙绫（大桥彩香 配音）、个性封闭但智商超高的家里蹲键盘手市谷有咲（伊藤彩沙 配音），少女们聚在一起，亲手演奏出了梦的乐章。
背叛的动机已经记不清楚了。回过神时已经杀死了曾经的同僚。盯着自己被染红的双手——不光是鲜血，就连无数根发丝和几块带有骨头的肉片都粘在上面。为什么会变成这样子？用来自问的时机已经过去了。犹豫片刻，想借口的时机也已经过去，现在应当立即做出行动。“为什么？”透过空气缝隙传来小小疑问，将视线从双手移开。血开始变干的触觉可不是寻找行动理由的线索，那只不过是令人不快的源泉。抬起目光，确认现在所在的地方。以白色为基调的煞风景的房间。被各类检查器材包围的手术台。房顶上照亮一切的光源，更加凸显出房间的苍白。
13场一对一决斗攸关人类存亡，来自世界各地的神明与人类代表又将再度展开激战。诸神黄昏之战目前 3 比 3 平手，一起来见证这场人神终极决斗的第 7 场对决。血流成河、拳影飞舞的钢铁意志之战开打。
电视动画片《异世界四重奏3》是《异世界四重奏》系列电视动画的第3期。 于2020年3月31日《异世界四重奏2》最终话完结的同时宣布续作消息。
