照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

这部电影将由原著漫画作者田畠裕基担任监制，讲述原作中并未透露的魔法帝的故事。在一个魔法主宰万物的世界里，生来就没有魔法的男孩亚斯塔立志成为“魔法帝”，以克服逆境，证明自己的力量，并遵守与朋友们的约定。

里昂在执行从绑匪手中解救安东尼奥 泰勒博士的任务时，一个神秘女人挡住了他的任务。与此同时，克里斯正在调查旧金山爆发的僵尸事件，感染原因无法确定，唯一确定的是受害者最近都去过恶魔岛，根据这一线索，克里斯与他的团队前往这座小岛调查，那里有未知的恐怖在等待着他们。

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

故事讲述了曾经被孙悟空击败的红绸军卷土重来，创造出了自称是超级英雄的人造人伽玛1号和伽玛2号。悟饭、比克与两位超级人造人狭路相逢，展开了激烈的对战……红绸军究竟在酝酿什么阴谋？地球危机迫在眉睫，是时候觉醒了，真正的“超级英雄”！

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相……

在未来的某一天，一对男女Retro（山口胜平 配音）和Pandy（本田贵子 配音）在一片荒野中醒来，却发现自己不但赤身裸体而且丧失了记忆。二人来到了东京闹市中肆意抢劫衣服和食物，经过一番大战后，两人被捕，并被投放到月球上的监狱“Dead Leaves”。